因为北方的外患威胁仍然在,东晋朝廷依赖世族以及方镇的支持以稳定局势,这使得不少士族掌握强大的武装形成割据。荆州刺史王敦素来桀傲,有意控制朝廷,晋元帝司马睿为了抑制王氏权势,以散骑常侍、镇北将军、都督青徐幽平四州军事、假节刘隗、尚书令刁协、征西将军,都督兖、豫、幽、冀、雍、并六州诸军事、假节戴渊等人牵制,并防御荆州刺史王敦,削弱其兵权。荆州刺史王敦利用豫州刺史祖逖去世、京城防御不足,于公元322年发兵,攻陷建康。尚书令刁协等人被杀,史称荆州刺史王敦之乱。晋元帝司马睿忧愤而死,太子司马绍继位,是为晋明帝。当时荆州刺史王敦欲专权,移镇姑孰,但是于公元324年病危。晋明帝司马绍下令讨伐,平乱成功,由于司徒王导未附逆,所以王氏仍然受晋室重用。
公元325年晋明帝司马绍去世,太子司马衍继位,是为晋成帝。由始兴郡公王导和外戚给事中,中书令庾亮辅政。当时军事重镇分别由都督荆、湘、雍、梁四州军事、征西大将军、荆州刺史、领护南蛮校尉陶侃镇守荆襄地区和由大司农苏峻以及镇西将军祖约等人镇守淮南地区。都督荆、湘、雍、梁四州军事、征西大将军、荆州刺史、领护南蛮校尉陶侃怀疑因为给事中,中书令庾亮的干预,使得自己未能辅政而感到不满。给事中,中书令庾亮为了提防都督荆、湘、雍、梁四州军事、征西大将军、荆州刺史、领护南蛮校尉陶侃,任江州刺史、持节、都督、平南将军温峤镇守武昌。由于大司农苏峻和镇西将军祖约对给事中,中书令庾亮巩固中央的政策感到不满,于公元327年反叛。次年大司农苏峻和镇西将军祖约的联军攻陷京师建康,挟持晋成帝司马衍,给事中,中书令庾亮逃至寻阳,史称大司农苏峻之乱。此时都督荆、湘、雍、梁四州军事、征西大将军、荆州刺史、领护南蛮校尉陶侃观望,经过江州刺史、持节、都督、平南将军温峤力劝之下决定讨伐大司农苏峻。大司农苏峻迎战阵亡,公元329年都督荆、湘、雍、梁四州军事、征西大将军、荆州刺史、领护南蛮校尉陶侃和江州刺史、持节、都督、平南将军温峤的联军收复京师建康,平乱成功。事后给事中,中书令庾亮请罪,外调镇芜湖,东晋朝廷由始兴郡公王导执政。公元334年大将军陶侃去世,征西将军庾亮代之,仍然遥控东晋朝廷,与始兴郡公王导交恶。公元339年后始兴郡公王导与征西将军庾亮先后去世,由都督江、荆、司、雍、梁、益六州诸军事,安西将军、荆州刺史,假节庾翼执政,掌握荆州军权。
在东晋成立以后,南迁的晋人莫不希望发动北伐,收复在北方沦陷的家园。但是由于世族已经安居在江南,南方丰富的资产使得重返北方的意愿不高。但是东晋建立后,依然进行了多次的北伐。东晋初期,东晋朝廷采取以攻为守的态度抵御北方。公元317年奋威将军、豫州刺史祖逖意图北伐,晋元帝司马睿给予充分支持,不仅从库存数千匹布帛中取出三千匹支援,晋元帝司马睿命奋威将军、豫州刺史祖逖相继收复中原。他招募流民建立军队北上,晋元帝司马睿还先后派自己的次子琅邪孝王司马裒和司马飏出兵配合奋威将军、豫州刺史祖逖,并与当地的坞堡合作,最后成功收复黄河以南的领土,与后赵明帝石勒隔河相持。
少年王羲之武不爱文,但是父亲淮南内史王旷和伯父丞相王导都觉得他在书法方面有着独特的悟性,于是专门请当时最有名的书法老师夫人卫铄来教他书法。南迁以后的东晋百废待兴,社会动荡,王羲之在这样的环境中迅速成长、成熟。然而王羲之和郗睿(女友)之间的爱情如同他的书法一样并不是一帆风顺。在经历了多舛的困苦以后,二人终于结为连理。但是在新婚之夜,王羲之却把他多年创作的作品付之一炬。近三十年的颠沛使王羲之决定在会稽安度晚年,他的书法在人生的流离中一次一次有了升华,隶书的成熟,楷书的兴起,行书、草书的逐渐完善,使他有了多种多样的选择,这也集中体现了他勇于创新的独立精神,在夫人郗睿和好友孙绰的支持下,王羲之终于在永和九年上巳三月三举办了前无古人的兰亭雅集,并乘兴写下了千古绝唱《兰亭序》。
东晋初年,清官遭到陷害,大仙黄初平冒险呈送“万民折”。为受害清官胡咏江大人解救家人。此时得罪当地贪官刘知县和恶霸张百万,两个恶人仗着朝中有人,设下毒计陷害大仙黄初平。大仙黄初平智慧超人,抨击邪恶势力,用善行感动乡民,带领百姓战胜自然灾害,扬善惩恶,除暴安良,为百姓治病救灾,得到百姓们的拥护爱戴,最终返回天庭。
但是由于东晋发生内乱,东晋朝廷于公元321年派戴渊为征西将军,都督各军镇守寿阳,镇西将军祖逖不愿意隶属其下,修武牢沿黄河防御,又得知东晋朝廷内部荆州刺史王敦和御史中丞刘隗矛盾重重,忧愤而死。荆州刺史王敦因为奋威将军、豫州刺史祖逖去世而不必顾虑遂叛变。奋威将军、豫州刺史祖逖的大军由其弟镇西将军祖约率之,最后也随大司农苏峻叛变。由于晋朝内部矛盾,失地得而复失。晋成帝司马衍时期则由给事中,中书令庾亮、都督江、荆、司、雍、梁、益六州诸军事,安西将军、荆州刺史,假节庾翼兄弟二人主持北伐,他们以荆州为中心,意图发动北伐。但是因为被抵制,所以没有实现统一。庾氏兄弟二人相继去世后,东晋朝廷先后由征北大将军褚裒、建武将军、扬州刺史殷浩、安西将军谢尚、扬州刺史桓温、建威将军司马勋等人多次北伐。
公元346年晋穆帝司马聃时期,征西大将军、开府仪同三司、临贺郡公桓温、征虏将军周抚、南郡、河东二郡太守司马无忌、建武将军司马毛穆之、广陵相袁乔等人讨伐成汉,次年讨灭。
公元347年,风景秀丽的张家界,以黑心虎为首的魔教放火烧山,荼毒生灵,企图抓森林之灵兽麒麟,妄图借喝森林之灵兽麒麟的鲜血以增强内力,称霸武林。为了维护森林的和平与安宁,虹猫的父亲白猫联合蓝兔的母亲玉兔仙子等七人,七剑合璧,最终打败黑心虎,但是虹猫的父亲白猫联合蓝兔的母亲玉兔仙子等七人也非伤即残。
公元349年后赵武帝石虎死,东晋朝廷派征北大将军褚裒北伐,失败。征西大将军、开府仪同三司、临贺郡公桓温多次破坏北伐,在征北大将军褚裒北伐失败后引军东下武昌与中军将军、假节、都督扬豫徐兖青五州诸军事殷浩争权。东晋朝廷不许,改以中军将军、假节、都督扬豫徐兖青五州诸军事殷浩、谒者仆射、梁州刺史司马勋、安西将军谢尚负责北伐。公元352年中军将军、假节、都督扬豫徐兖青五州诸军事殷浩联合羌将持节、平北将军、都督并州诸军事、并州刺史、平乡县公姚襄北伐前秦,被前秦景明帝苻健击败。次年中军将军、假节、都督扬豫徐兖青五州诸军事殷浩再度北伐,被持节、平北将军、都督并州诸军事、并州刺史、平乡县公姚襄所袭,中军将军殷浩被征西大将军、开府仪同三司、临贺郡公桓温弹劾罢免。公元354年征西大将军、开府仪同三司、临贺郡公桓温北伐前秦,但是由于前秦景明帝苻健采取坚壁清野战术,征西大将军、开府仪同三司、临贺郡公桓温又态度消极不进,最后晋军缺粮而撤退。公元356年,大都督,都督司、冀二州诸军事桓温讨伐河南的大将军、大单于姚襄,击溃之并攻占洛阳,修谒皇陵。公元358年南郡公桓温不顾东晋朝廷要求其驻守经营洛阳,仅留右将军、宣城内史、假节毛穆之三千人镇守洛阳,自行南撤。等到晋哀帝司马丕和晋废帝司马奕相继为帝之后,南郡公桓温已经控制兵权。
当时北方呈现前秦、前燕代凉割据的局势,洛阳被前燕占领。扬州牧桓温为了准备专权,于公元369年讨伐前燕。当时燕军大败,晋军进驻枋头与燕将使持节、征南将军、都督河南诸军事、兖州牧、荆州刺史慕容垂对峙。最后晋军缺粮而退,使持节、征南将军、都督河南诸军事、兖州牧、荆州刺史慕容垂率军追杀,晋军大败。公元371年扬州牧桓温废晋废帝司马奕为东海王,改立琅邪王、会稽王司马昱为晋简文帝。隔年晋简文帝司马昱去世,晋孝武帝司马曜继位,公元373年扬州牧桓温要求“九锡”,大臣吏部尚书、中护军谢安、本州大中正王坦之拖延该事,不久扬州牧桓温病死,东晋暂时中止了北伐。
淝水之战的前夕,前秦和东晋对峙,晋孝武帝司马曜时期,尚书仆射谢安执政,桓冲为荆州刺史,防御荆襄地区;东兴县侯谢玄镇守广陵,与卫将军、开府仪同三司谢安防御淮南地区。为了加强中央军力,晋孝武帝司马曜令东兴县侯谢玄招募淮南和江北的百姓,成立北府军。
公元370年前秦灭掉前燕后,前秦世祖宣昭皇帝苻坚即有意灭掉东晋以统一天下。公元373年攻下东晋的梁益二州。公元378年派征南大将军、都督征讨诸军事、守尚书令、长乐公苻丕围攻襄阳,使持节、监沔中诸军事、南中郎将、梁州刺史朱序坚守,于隔年攻破,俘虏了使持节、监沔中诸军事、南中郎将、梁州刺史朱序;又派都督东讨诸军事彭超围攻彭城,却被东兴县侯谢玄率领北府兵击败。公元382年使持节、都督西讨诸军事吕光平定西域后,前秦世祖宣昭皇帝苻坚的目标指向东晋。隔年5月雍州之京兆司州之河东诸军事、领南蛮校尉、荆州刺史,持节桓冲率领10万大军,意图夺回襄阳,前秦世祖宣昭皇帝苻坚派钜鹿公雍州刺史苻睿、京兆尹慕容垂等人防御。8月前秦世祖宣昭皇帝苻坚认为时机已到,率举国之师南征东晋,兵分三路,声势浩大。他亲自率领步兵60万抵达项城,派征东大将军苻融为先锋率领27万兵攻打寿阳,梁成等人屯兵洛涧以控制淮河。东晋朝廷震惊,卫将军、开府仪同三司谢安力持镇定,命征虏将军假节谢石为前线大都督、东兴县侯谢玄为先锋,与辅国将军谢琰、西中郎将桓伊等人率领8万北府兵北上救援。
公元383年10月前秦大军的前锋攻陷寿阳后,前秦世祖宣昭皇帝苻坚赶往指挥,并派度支尚书朱序向前线大都督谢石诸将劝降。但是度支尚书朱序尽泄前秦大军的虚实,并建议速战速决。11月先锋谢玄派鹰扬将军、广陵相刘牢之率领五千精兵攻破洛涧,东晋大军西行,与前秦大军对峙淝水。12月有人向前秦世祖宣昭皇帝苻坚建议后退决战。诸位前秦将领认为阻敌于淝水畔比较安全,但是前秦世祖宣昭皇帝苻坚认为半渡而击可以主动对决。当前秦大军后移的时候,东晋大军渡水突击,度支尚书朱序于军阵后面大喊前秦大军已败。此时前秦大军大乱,先锋谢玄等人乘胜追击,前秦大军全面崩溃,征东大将军苻融战死,前秦世祖宣昭皇帝苻坚中箭,孤身北返,后由京兆尹慕容垂护送。此役东晋大军全面胜利,于东晋历史上意义非凡,史称淝水之战。
战后,太保谢安都督诸州军事,准备北伐支离破碎的前秦。公元384年太保谢安命前锋都督谢玄、冠军将军桓石虔率军北伐,前锋都督谢玄等人自广陵北上,攻克鄄城、广固等地,并修建青州派以运送粮草。此役收复山东、河南一带,将领土划至黄河以南。荆州大军也成功收复四川、襄阳一带。前锋都督谢玄继续北上,龙骧将军、彭城内史刘牢之一度打到邺城。但是专政东晋朝廷的扬州刺史亦是录尚书事的司马道子忌讳谢氏功高,朝议“以征役既久,宜置戍而还”,令康乐县公谢玄回镇淮阴,最后北伐功败垂成。
扬州刺史亦是录尚书事的司马道子为晋孝武帝司马曜之弟,甚受信任。淝水之战后太保谢安和散骑常侍、左将军、会稽内史谢玄被扬州刺史亦是录尚书事的司马道子排挤,最后相继去世,东晋朝廷逐渐混乱,北府军后来由中书令王恭等人统率。江州刺史桓冲去世后,桓家后来由江州刺史桓玄领导。公元390年晋孝武帝司马曜对会稽王司马道子不满,遂内以尚书左仆射王珣、太子少傅王雅入朝,外以中书令王恭任兖州刺史、都督荆益宁三州军事、振威将军、荆州刺史、假节殷仲堪任荆州刺史;会稽王司马道子也引起中书令、中领军王国宝和王绪抗衡,朋党乱起。
东晋太元年间,武陵郡有个人以打渔为生。一天,他顺着溪水行船,忘记了路程的远近。忽然遇到一片桃花林,生长在溪水的两岸,长达几百步,中间没有别的树,花草鲜嫩美丽,落花纷纷的散在地上。渔人对此感到十分诧异,继续往前行船,想走到林子的尽头。
桃花林的尽头就是溪水的发源地,于是便出现了一座山,山上有个小洞口,洞里仿佛有点光亮。于是他下了船,从洞口进去了。起初洞口很狭窄,仅容一人通过。又走了几十步,突然变得开阔明亮了。一片平坦宽广的土地,一排排整齐的房舍。还有肥沃的田地、美丽的池沼,桑树竹林之类的。田间小路交错相通,鸡鸣狗叫到处都可以听到。人们在田野里来来往往的耕种劳作,男女的穿戴跟桃花源以外的世人完全一样。老人和小孩们个个都安适愉快,自得其乐。
村里的人看到渔人,感到非常惊讶,问他是从哪儿来的。渔人详细地作了回答。村里有人就邀请他到自己家里去。设酒杀鸡做饭来款待他。村里的人听说来了这么一个人,就都来打听消息。他们自己说他们的祖先为了躲避秦朝时期的战乱,领着妻子儿女和乡邻来到这个与人世隔绝的地方,不再出去,因而跟外面的人断绝了来往。他们问渔人现在是什么朝代,他们竟然不知道有过汉朝,更不必说魏晋两朝了。渔人把自己知道的事一一详尽地告诉了他们,听完以后,他们都感叹惋惜。其余的人各自又把渔人请到自己的家中,都拿出酒饭来款待他。渔人停留了几天,向村里的人告辞离开。村里的人对他说:“我们这个地方不值得对外面的人说啊!”
渔人出来以后,找到了他的船,就顺着旧路回去,处处都做了标记。到了武陵郡城,到武陵太守那里去,报告了这番经历。武陵太守立即派人跟着他去,寻找以前所做的标记,终于迷失了方向,再也找不到通往桃花源的路了。
南阳人刘子骥是个志向高洁的隐士,听到这件事后,高兴地计划前往。但是没有实现,不久因病去世了。此后就再也没有问桃花源路的人了。
陶渊明得知这件事后,将这件事写成了《桃花源记》。
公元396年晋孝武帝司马曜被贵人张氏杀害,太子司马德宗继位,是为晋安帝。